通達（S63.3.14 基発第150号）によれば、下記のように取り扱われます。

  1. 通常の労働時間または労働日の1時間当たり賃金額に円未満の端数が生じた場合、５０銭未満の端数を切り捨て、５０銭以上１円未満の端数は１円に切り上げること。
  2. １時間当たり割増賃金額に円未満の端数が生じた場合、１．と同様の処理をすること。
  3. その月における時間外、休日または深夜の総労働時間数に３０分未満の端数がある場合には切り捨て、３０分以上の端数がある場合には１時間に切り上げること。
  4. ３．によって計算したその月分の割増賃金の合計額に円未満の端数が生じた場合、１．と同様の処理をすること。

注意点としては、上記３．については、１日における労働時間数の端数処理ではなく、１ヶ月における労働時間の総数の端数処理が可能ということになります。
仮に、１日に数分の時間外労働をしてたとしても、１ヶ月で３０分に満たない場合には１ヶ月分の給与計算時においては端数処理してしまってもかまわないということになります。